En 1945, gracias al esfuerzo de un grupo de socios, el Cádiz CF, ya separado del Hércules, recuperó la tercera división. Pero ni eso alcanzó a frenar la debacle y el club descendió de la tercera división, perdiendo la categoría nacional. Durante 10 temporadas consecutivas el club permaneció en esa división, hasta que en 1955/1956 logró el ascenso. Y en 1958 debuta en el club Manolín Bueno, camiseta alemania mundial 2022 que luego de una brillante temporada es transferido al Real Madrid.
