La primera final se jugó el 15 de diciembre en el Estadio Karaiskakis de El Pireo, resultando en empate 1:1 con gol de Luis Artime. Para la primera final, jugada el 30 de julio, en Porto Alegre, casi treinta mil uruguayos recorrieron los mil kilómetros que separan esa ciudad brasileña de Montevideo, para acompañar a Nacional en el Estadio Beira-Rio. El torneo se reanudó en febrero de 2009, a una fecha del final, con dos equipos liderando: Danubio y Nacional. Debieron definir en una final, donde Danubio ganaba 1:0, pero aunque Nacional quedó con 10 jugadores en cancha, llegaron los goles de Álvaro Fernández y Santiago García, que le dieron el título al tricolor. El encuentro finalizó 1:1, marcando Álvaro Recoba para Nacional, que alinéo muchos jugadores que ya no formaban parte del plantel del club, incluso en el segundo tiempo se autoconvocó para ingresar a la cancha el propio Hugo De León.
Desde entonces el club siguió la política de contratar a los mejores jugadores del mundo para dar mayor proyección e ingresos al club. Diego Vera. Por él, ingresó el juvenil Santiago García (17 años) debutando en primera división, marcando el único tanto del partido y otorgándole el primer título de la era Pelusso al club. Esa excentricidad la lucía también sobre el césped, donde desde sus años en Boca, le gustaba vestir una camiseta con un camión que él mismo conducía. El primer gol del nuevo siglo lo marcó Rubén Sosa, quien llevaba la camiseta con el número cien, de tiro libre contra Deportivo Maldonado. Al año siguiente, Nacional definió el título frente a Danubio, venciéndolo 2:1 en Maldonado. Para el año siguiente, Carreño había sido sustituido por Gerardo Pelusso. La historia de esta temporada del equipo dirigido por Gerardo Pelusso comienza en la final de la Liguilla Pre-Libertadores de 2008 cuando Nacional enfrentó a Defensor Sporting, el entonces campeón uruguayo.
De vuelta en Montevideo derrotó a Defensor 3:0, a Oriente Petrolero 5:0 y a The Strongest 2:0. En la serie semifinal debió enfrentar a O’Higgins de Chile y a Olimpia de Paraguay, campeón de la edición anterior. En las revanchas empató 1:1 con Olimpia con gol De la Peña y superó a O’Higgins por 2:0, convirtiendo De la Peña y Victorino clasificándose para disputar la final ante Internacional de Porto Alegre. El partido terminó en empate 0:0. El partido revancha se jugó el 6 de agosto en el Centenario, y fue victoria local por 1:0 con gol de Victorino de cabeza, consiguiendo así Nacional su segunda Copa Libertadores. Esta vez venció al Nottingham Forest de Inglaterra —campeón de la Copa de Campeones de Europa 1979-80— por 1:0, con gol de Waldemar Victorino. En febrero de 1981 Nacional obtuvo su segunda Copa Intercontinental. Luego de varios días en los tribunales de la AUF, el partido finalmente se jugó en el Estadio Centenario con triunfo de Nacional.
A pesar de la derrota, el equipo se retiró aplaudido del estadio por una hinchada que reconoció el esfuerzo. En Rumania, los Lăncieri fueron el primer movimiento en adoptar camisas de color azul en los años 20 y 30 del siglo XX, a imitación de las camisas negras del fascismo italiano. El 14 de mayo de 1999 Nacional festejó su centenario, bajo el lema «100 Años de Verdad». También se destaca el acuífero Guaraní, como el más grande del mundo, capaz de abastecer a la población mundial por 200 años. Como en otras ocasiones, equipaciones futbol Nike decide por la innovación en este modelo. Con este nuevo planteo venció a Peñarol por 2:0 con goles de Julio César Morales. EL MUNDO Jordi Bardia, portavoz del club azulgrana, quien precisó además que este tipo de equipaciones sólo se pueden adquirir en circuitos comerciales no oficiales. Musk afirmó en Twitter que el aparato habría funcionado y se refirió a Unsworth como «pedo guy» (tipo pedófilo), lo que causó reacciones contra Musk. Colección de las obras sueltas así en prosa como en verso de Frey Lope Félix de Vega Carpio, Madrid, Arco Libros, 2001. Segunda edición (21 volúmenes). En 2000, una impresionante batalla campal entre los futbolistas de Nacional y Peñarol, determinó que las finales de ese año se jugaran con algunos futbolistas encarcelados, por el lado de Nacional, Richard Morales, Vanzini y Regueiro.