Compitió en Primera División hasta 2012, año en que pierde la categoría por primera vez. En 2001 se inscribe en la Primera B donde compite hasta 2004, temporada en la que gana el Torneo Reducido y obtiene el segundo ascenso a Primera División. Independiente es uno de los clubes fundacionales de la Primera División de futsal argentino y actualmente compite en la categoría. Comenzó a competir en el primer campeonato en 1986 y continuó en la categoría hasta 1989. Entre 1990 y 2000 estuvo retirado del certamen.
