En los cuartos de final de la ronda de perdedores es otra vez Estudiantes el que trunca las ilusiones «Santas» al derrotarlo por 1-0 en La Plata. En la tercera ronda los «Santos» se enfrentan a Argentinos de visitantes y pierden por 2-0, por lo que van a la ronda de perdedores. En el año 2004, tras eliminar en la liguilla a Unión San Felipe, Colo-Colo y Club de Deportes Cobresal|Cobresal, consiguió nuevamente clasificar a la Copa Sudamericana 2004|Copa Sudamericana, equipacion polonia 2022 donde fue eliminado en primera ronda por la Universidad de Concepción.
