Para los 2000 ya volvió al diseño antiguo pero más modernizado y estético con una estrella por el título del campeonato 1981, equipacion mexico para el 2015 se decidió colocar la frase «Centenario 1915 – 2015» conmemorando los 100 años de fundación del club. El Primer Escudo era una en forma circular con el acrónimo del club (C.M) de Club Melgar. En los años 1990, el club usó un escudo diferente, este sustituía la franja roja por una blanca que dividía los extremos rojo (superior), y negro (inferior), con las leyendas «FBC MELGAR» en la parte superior y «AREQUIPA» en la inferior.
