Fue fundado en 1996 como tal, aunque bien es cierto que el club ha tenido filial en años atrás, como el Alicante CF por los años 60, el Hércules Atlético desde 1974 o posteriormente bajo las denominaciones de Hércules Promesas, Mutxamel CF y CD Español de San Vicente respectivamente. En la temporada 2007-08 el Hércules CF adquirió un acuerdo de colaboración con club alicantino Sporting CF Plaza de Argel de la Primera Nacional de Fútbol Femenino.
